Il Granducato di Toscana non destina grandi risorse alla sua Marina, nonostante nel 1815, con l'annessione di tutta l'Elba e dello Stato dei Presidi, sia stato acquisito il diretto dominio su tutto il litorale toscano, tranne che su Viareggio, che entrerà a far parte del Granducato nel 1847con l'abdicazione del Duca di Lucca.

A testimonianza di tale scelta è lo sviluppo dato, ancora, ai vecchi sistemi di difesa costiera basati sulle torri e sulle milizie locali e la loro sopravvivenza sino all'unificazione d'Italia.
Nel 1814, Ferdinando III, mentre i mari sono minacciati ancora dai pirati barbareschi, chiede all'Austria la cessione delle navi della ex-flotta italica, non ottenendole.
Compera ed arma, allora, una galeotta e un felucone, ordinando anche la messa in cantiere e l'acquisto di altre unità minori cosicché, nel 1816, poteva contare su un brigantino, una goletta, uno sciabecco, quattro cannoniere e tre speronare.
La stipula di accordi di tregua con le reggenze musulmane d'Africa negli anni successivi, porta a un radicale ridimensionamento della Marina. Il riordinamento delle forze armate toscane, seguito alla restaurazione del 1849 e al piano di riarmo voluti dal comandante dell'Esercito, Federico Ferrari da Grado, si estende, nel 1857, anche alla Marina.