Lo Stato della Chiesa riunisce sotto un'unica amministrazione la Marina da guerra, quella di Finanza e la direzione generale dei piroscafi sul Tevere, che comprendeva quattro navi a vapore.
Nel 1823 si contano la goletta San Pietro, armata con dodici pezzi d'artiglieria; un cutter, adibito a guardaporto a Civitavecchia; una feluca e uno scappavia.

La Finanza, con i suoi timonieri, sottotimonieri e marinai, contrasta il contrabbando lungo le coste adriatiche, con dodici barche guardacoste, armate con due spingarde ciascuna, ripartite in due squadriglie agli ordini di due ufficiali di Marina: otto in Adriatico e quattro nel Tirreno.
Negli anni Quaranta si ha un miglioramento strutturale con Alessandro Cialdi, di Civitavecchia, che dapprima organizza e dirige una spedizione in Egitto, risalendo il Nilo, poi, nel 1842, conduce a Roma dall'Inghilterra tre navi a ruote per la navigazione controcorrente sul Tevere, allora importante via commerciale con i suoi due approdi di Ripa Grande e Ripetta al centro di Roma. A questi tre piroscafi, presto se ne aggiunge un quarto, il Roma che, sotto il comando di Cialdi, prende parte, nel 1848, alla prima guerra d'indipendenza.
Durante la Repubblica Romana, il Roma si distingue nelle acque d'Ancona, sfruttando il vapore nei periodi di bonaccia, per contrastare la flottiglia a vela austriaca che stringe d'assedio la città adriatica.
Nel 1856 vengono unificate la Marina da Guerra, la Marina di Finanza e la Marina del Tevere sotto la denominazione di Marina Militare Pontificia. Nel 1860, agli ordini del tenente colonnello Cialdi, la Marina pontificia ha un certo miglioramento, grazie soprattutto all'entrata in servizio della pirocorvetta Immacolata Concezione, della quale restano oggi una scialuppa al Museo della scienza e della Tecnica di Milano, ed un modello in scala ridotta e la bandiera, conservati a Museo Storico Vaticano del Palazzo Lateranense