Nel giugno 1815, Ferdinando IV di Napoli ristruttura le Forze armate del Regno della Due Sicilie e, in base al trattato di Casalanza, costituìsce una giunta incaricata di organizzare la nuova Marina militare.

Quando comincia a diffondersi il vapore, il re, il 14 gennaio 1817, concede una privativa per la navigazione col nuovo tipo di propulsione e ordina la costruzione di un piroscafo da 200 tonnellate. Battezzato Ferdinando I, varato il 24 giugno 1818, posto al comando dell'Alfiere di Vascello della Marina Reale Giuseppe Libetta, con una velocità di crociera di 4 nodi,. parte il 27 settembre per il suo primo viaggio: Napoli, Livorno, Genova, Marsiglia.
Nello stesso anno sono pubblicate le "Ordinanze Generali della Real Marina" relative a tutta la composizione e organizzazione della Marina: si tratta della prima regolamentazione fatta dal regno delle Due Sicilie in ambito marinaro.

Territorialmente la Marina viene ripartita nei tre compartimenti marittimi di Napoli, Palermo e Messina, mentre organicamente si suddivide in due rami distinti: militare e amministrativo, alle dipendenze del Consiglio di Marina.

Nel 1820 la Marina si é considerevolmente rafforzata: giungendo ad allineare tre divisioni con una settantina di legni da guerra di tutte le stazze, con netta prevalenza di legni leggeri.
Nel biennio 1827-1828, i cantieri di Castellammare di Stabia varano la fregata Regina Isabella da 44 cannoni, la corvetta Cristina da 32 cannoni e i brigantini Principe Carlo e Francesco I. Nel 1830 viene ultimata la scorridora Etna, nel 1832 il brigantino Zeffiro da 18 cannoni, nel 1834 le fregate Partenope da 50 cannoni, e Urania da 46 pezzi.

Re Ferdinando ha una grande passione per la propulsione a vapore applicata alla marina e, per questo, acquista in Gran Bretagna, nel 1834, tre piroscafi (ribattezzati Ferdinando II, Nettuno, San Wenefrido), sostituendone l'originario personale di macchina inglese e istituendo a Pietrarsa il "Real Opificio Meccanico Militare", la prima "Scuola di Ingegneri Meccanici" d'Italia, alla quale viene annessa una fabbrica d'attrezzi e macchine marine per armare le pirofregate napoletane.

Nel 1860, con l'ingresso di Garibaldi a Napoli, si avvia al tramonto la storia della Marina borbonica e dei Marinai delle Due Sicilie che si conclude, definitivamente, con la caduta di Gaeta il 15 febbraio 1861.